через SSH в командной строке пишем, если нужно
Перезагрузить Apache: /usr/local/etc/rc.d/apache22 restart
Перезагрузить MySQL: /usr/local/etc/rc.d/mysql-server restart
Перезагрузить сервер: reboot
Перезагрузить Nginx: /usr/local/etc/rc.d/nginx restart